Sekretariat Direktorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pemberian pelayanan administrative kepada semua unsur satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Pembangunan Daerah Tertinggal.

Sekretariat Direktorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pembangunan daerah tertinggal
2. Pengelolaan data dan informasi
3. Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik negara Direktorat Jenderal
4. Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum
5. Penyiapan penyusunan rancangan peraturan perundangundangan dan advokasi hokum
6. Penataan organisasi dan tata laksana.

Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas:

1. Bagian Perencanaan
2. Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara
3. Bagian Kepegawaian dan Umum
4. Bagian Hukum, Organisasi, dan Tata Laksana.

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015