Sekretariat Direktorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pemberian pelayanan administrative kepada semua unsur satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Pembangunan Daerah Tertinggal.
Sekretariat Direktorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:
- Koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pembangunan daerah tertinggal
- Pengelolaan data dan informasi
- Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik negara Direktorat Jenderal
- Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum
- Penyiapan penyusunan rancangan peraturan perundangundangan dan advokasi hokum
- Penataan organisasi dan tata laksana.
Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas:
- Bagian Perencanaan
- Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara
- Bagian Kepegawaian dan Umum
- Bagian Hukum, Organisasi, dan Tata Laksana.
Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015